Para poder descartar la falla como causa electrónica, debes controlar el integrado U3 que actua como switch para el USB del lado izquierdo de la placa, este es un RT9715BGS de 8 pines parecido a los mosfet, de por si lo es algo modificado, mira y ve los valores que debes confirmar aqui
http://www.richtek.com/assets/product_file/RT9715/DS9715-03.pdf, además tienes otro integrado el U23 tambien RT9715BGS para alimentar la tension de los otros dos USB que trabajan con este segundo circuito, revisalo tambien. Esos dos integrados deben tener GND en pin 1, +5VALW en pines 2 y 3, la habilitacion del puerto por pin 4 que será Hi si el integrado es un RT9715A/C/G/E y Low si es RT9715B/D/F/H por lo tanto sera de 5 a cero volts, el pin 5 es para proteccion de sobrecorriente y los pines 6,7,8 son salida de 5 volts hacia los filtros C264,C92 y C93 en la linea que termina en el pin 1 del conector JUSB1.
El mismo analisis deberas hacerlo con el U23 que alimenta al usb doble en su zócalo de conexion JP8 en los pines de linea deberas tener 5 volts, pines 1, 2 y 8.
Y aunque despues de esto parezca tonto, limpia los puertos don un cepillo antiestatico y limpiacontactos, a ver si por casualidad no trabajan porque tienen patina del tiempo que aisla los contactos.