Tengo un disco duro sata marca seagate, a este le pasé el programa CrystalDiskInfo y mostro el cuadrito amarillo en señal de riesgo. La pregunta es, habrá algún programa para reparar los sectores dañados de cualquier disco o no.  Gracias

No lo hay cuando es una falla física en la superficie del disco. 

Exacto, los sectores no se pueden reparar, pero algunos discos son capaces de reasignar los sectores dañados y mover los datos a ellos de ser posible y así evitar usar los sectores dañados, aunque depende del disco. Lo mejor es que migres tus datos a un disco nuevo y uses el malo para cosas poco importantes, así lo puedes seguir usando hasta que ya no funcione más...

Dentro del mismo windows tenes por línea de comandos el programa CHKDSK /F para marcar los sectores dañados. 
Ahora, yo correría más de una vez el programa que utilizaste, para determinar que el mapeo de errores sea el mismo, me ha sucedido que una falla en la lógica de un disco duro me tiraba bad clusters aleatorios.