Checa en wikipedia:
Sistemas de archivos:
http://es.wikipedia.org/wiki/Sistema_de_archivos
FAT12, FAT16 y FAT32:
http://es.wikipedia.org/wiki/FAT
NTFS:
http://es.wikipedia.org/wiki/NTFS
===Windows2000 y WindowsXP===
-Instala primero Windows2000 en una partición NTFS de la mitad del espacio de tu disco duro (o lo que gustes, pero asigna mínimo 6 GB o más para que puedas instalar el SO y las aplicaciones más usuales). Esto hará que Windows2000 quede en la unidad C:
-Luego instala WindowsXP en una partición NTFS en el espacio restante. (Al momento de instalar te indicará que ya hay otro sistema operativo, por lo que tu tendrás que indicarle que quieres ocupar el espacio restante para instalar XP). Con esto, WindowsXP quedará en la unidad D:
Lo anterior tiene tres ventajas:
-No necesitarás ningún software adicional ya que los programas de instalación de Windows2000 y WindowsXP crearán las particiones necesarias y las formatearán por tí.
-El programa de instalación de Windows XP creará un menú de inicio que te aparecerá cada vez que enciendas tu PC, dandote a escoger cual SO quieres arrancar: 2000 o XP. Esto se conoce como "Arranque Dual" o "Dual Boot".
-Podrás acceder a los archivos de cualquiera de los dos SO, ya que Windows2000 y WindowsXP pueden leer y escribir en el sistema de archivos NTFS.
===Windows XP y Windows Server 2003===
También podrías hacer algo similar a lo anterior con Windows XP y Windows Server 2003, solo que en este caso, primero instala XP con NTFS y luego Windows Server 2003 con NTFS.
Quedando Windows XP en la letra C: y Windows Server 2003 en la letra D:
Igual que en el caso anterior, podrás compartir sin problemas la información entre los dos SO's, pues ambos tienen sistema de archivos NTFS.
===Windows 98/ME y Windows XP===
Si por alguna razón quisieras utilizar Windows98 o WindowsME (también conocidos como Windows9x) con WindowsXP, primero instala Windows9x y luego WindowsXP con FAT32.
De esta manera queda Windows9x en C: y WindowsXP en D:, ambos con FAT32, pudiendo acceder a los archivos de uno y otro SO.
Saludos desde Puebla, México.