Supongo que ya has chequeado el tema de los sectores del disco. Por las dudas te paso estos links por si te son de utilidad:
http://www.yoreparo.com/foros/reparacion_de_computadoras/226938.html
http://www.yoreparo.com/foros/comentarios/discos-daados-procedimientos-a-realizar-t171817.html
http://www.yoreparo.com/foros/reparacion_de_computadoras/248264.html
Chkdsk te lo recomiendo solo despues de una chequeo general del estado del disco, pues con el tema de los datos, si tiene sectores defectuosos, generalmente no es muy diplomatico. Si no le ves el formato y no tiene sectores defectuosos entonces tal vez deberias, si, probar con un chkdsk /r. Sino, recorda, como ultima medida de fuerza, PUEDES FORMATEAR, y sin tocar la particion nueva usas un programa de recuperacion para tu particion anterior y generalmente vas a encontrar todos los datos. Suerte con eso Leo.