El disco externo está infectado. Y, si el disco externo está infectado, el sistema operativo está infectado: cada vez que intentas abrir uno de los archivos o carpetas infectados, se reafirma el virus en el equipo.
No sé que antivirus tienes (ojalá no sea el avast). Te recomiendo lo siguiente:
Desactiva la opción de crear puntos de restauración del sistem y, consigue el Eset Smart Security 7 (puede ser de prueba): a veces, si la pc está infectada, no se deja instalar ni descargar ningún antivirus, por eso prueba primero escribiendo en el navegador -no en el buscador- www.visrustotal.com. Si logras entras a dicha página, entra luego a
http://www.eset-la.com/hogar/smart-security, y descargas la versión de prueba de acuerdo a tu equipo (si es de 32 o 64 bits), luego, antes de instalarlo, desinstalas el que tienes instalado. Una vez instalado, examinas el equipo y luego el disco externo y demás particiones.
Hecho lo anterior, descargas Malwarebytes Anti-Malware de acá
http://es.malwarebytes.org/free/?gclid=CMS537yDub8CFXNo7AodzXEA5w: le das clic a Consiga su descarga gratuita: lo instalas, lo actualizas y le das un escaneo completo al sistema operativo y luego al disco externo, y a las demás particones que tengas, y en cada uno de los scaneos le das a eliminar lo que encuentre y reiniciar . Luego nos cuentas como te fue, por si hay que ser más agresivos.
No olvides que para hacer todo lo anterior, debes deshabilitar la opción restaurar sistema: clic derecho a Equipo / Propiedades / Protección del sistema / pestaña Protección del sistema / y, en configuración de protección, te ubicas en cada una de las particiones / clic a configurar y marcas Deshabilitar protección del sistema / aplicar / aceptar.