Coincido con returco:
http://www.yoreparo.com/articulos/windows/limpieza-disco-duro.html
http://www.yoreparo.com/articulos/windows/limpiar-registro-windows.html
Ademas revisa que el BIOS este dectectando bien los discos.
Intenta desconectar uno de los discos y reiniciar... y fijate si te manda bien el espacio libre(con el disco desconectado).