Hola si el agua estaba sucia, vas a tener que hacer circular bastante agua por el circuito para limpiarlo, ya que de lo contrario se puede dañar la bomba y tapar el intercambiador, etc, es simple, se hace circular agua dejando abierta la canilla de purga del colector, esto se debe hacer hasta que el agua salga bien limpia, suele demorar un poco de tiempo hasta que quede limpio, cualquier duda a tu disposición, saludos !